En el paso de Misterio se representa el momento pasionista correspondiente al pasaje evangélico en que Cristo, flagelado y coronado de espinas, maltrecho por el sufrimiento, fue expuesto al pueblo por el procurador Pilatos, al objeto de que la masa humana, que era partidaria de condenarle a muerte, se sintiera apiadada por El. San Juan lo describe así: «Jesús salió afuera, con la corona de espinas y el manto de púrpura. Pilatos les dijo: ¡Ahí tenéis al hombre!». Se trata, por tanto, en esta versión dl Evangelista Juan (Capítulo 19, 5-6), de un instante pasionista intermedio, podríamos decir, entre la coronación de espinas y la Sentencia a muerte emitida por el procurador romano.
Cristo aparece con una clámide púrpura, en pie, con las manos atadas por delante, la corona de espinas, de recia contextura, sobre la cabeza, y el rostro maltrecho, a causa de los golpes recibidos. En las manos lleva una caña, símbolo de la realeza, pero que quiere expresar aquí la burla, el oprobio y el menosprecio. Un sector de la crítica ha situado esta talla en los años finales del siglo XVII o comienzos del XVIII (siendo su autor desconocido), comparando estilísticamente esta imagen con la del Señor de la Coronación de espinas de la Capilla de los Desamparados.
El Señor del Ecce Homo es una talla completa de muchísimo porte y calidad artística. Tiene una cabeza muy bien construida, con una expresión de dolor serena, y una intensa belleza plástica. El cuerpo es proporcionado y la composición es correctísima. Las manos, sujetando suavemente la caña, símbolo de humillación, denotan las gubias de un buen artista, concebidas con un gran sentido turgente, de intensa plasticidad, delatando los conocimientos médicos que el anónimo escultor poseía, ya que aparecen bien trazadas las venas, muy hinchadas, del Señor. Hay un cierto envejecimiento de las facciones, propiciado por la nariz afilada y la forma del rostro, bastante alargada, con mechones de pelo muy bien labrados y una barba y bigote que ayudan a intensificar el gesto de profundo dolor que irradia toda la talla.
Últimamente, esta imagen se está atribuyendo a la escuela andaluza, en concreto a las gubias de Pedro Roldán el Viejo, creador de toda una escuela de imaginería en Sevilla y otras provincias. Esta atribución, quizás algo precipitada, no nos parece feliz, porque entraña una distorsión comparativa. Los conceptos estilísticos roldanescos no aparecen en esta imagen, por lo que no conocemos con exactitud las razones de su atribución, por algún sector crítico, a las gubias de Roldán o a su escuela. Todo lo que podemos decir de esta talla, actualmente, es que esperamos encontrar, en el futuro, algunas aportaciones documentales que nos ayuden a encuadrarla en una estética determinada. Fue restaurada la imagen del Señor en el año 1950 por Manuel Jesús Domecq González y en 1992 por Francisco Pinto, quien la fijó entonces a la peana. En el año 2008 fue restaurada por Francisco Bazán de nuevo.
La capa fue confeccionada por las Carmelitas en el año 1964 y fue el último trabajo que realizaron. Son notables las potencias del Señor, de plata sobredorada, enriquecidas con enormes piedras y cabujares. Cada una tiene en la base un enorme rubí y 12 zafiros blancos. Fueron realizadas por los Talleres Rodríguez, de Córdoba, en el año 1960. En el camarín tiene unas potencias de plata, obra de Seco Imbert del año 1910. En el tesoro de la Hermandad guardan también un cetro de plata, repujado por también Seco Imbert en ese año de 1910.
En el paso de Misterio aparecen también las figuras no sagradas de Pilatos y un sayón. El procurador romano está en el momento de presentar al pueblo a Cristo, para mover su compasión. Un sayón, con la lanza en la mano, le ayuda y parece que empuja a Cristo hacia la parte delantera del paso. Tanto la figura de Pilatos como la del sayón son anónimas, de gran expresividad y fuerte sentido histórico, y de escuela valenciana, correspondientes sus fechas al siglo XIX.
La canastilla fue realizada por Manuel Seco Imbert en el año 1927, realizada en plata de ley cincelada y repujada. No tiene calados y se adorna con unas guirnaldas de rosas y unos relieves con alegorías de la Pasión. Cuando el paso iba cargado por fuera, las figuras procesionaban directamente sobre esta canastilla. Posteriormente se alargó y fue completado con plata cofradiera por Villarreal en el año 1964. De este año son las partes de la canastilla que están caladas. La canastilla consta, pues, de dos tramos ascendentes que van de menor a mayor. En el taller de Villarreal se repujaron también las maniguetas en el año 1976 y al mismo tiempo se prolongaron
los respiraderos, la canastilla y la peana que ellos habían repujado en el año 1964.
Porta unos retorcidos candelabros que ocupan casi todas las partes en las que, originalmente, se divide este paso. Estos son diez, cuatro van sobre la mesa del paso, uno en cada esquina, y tienen nueve brazos cada uno, con treinta y seis puntos de luz. Sobre la canastilla van otros cuatro, también en las esquinas; éstos sólo tienen cinco brazos con veinte puntos de luz. Y en cada lateral de la canastilla, en el centro, va un candelabro de tres brazos con seis puntos de luz entre los dos. En total suman sesenta y dos tulipas. Lleva una imagen de Santa María de Montserrat como imagen venera.
Las dimensiones de las andas son de 224 cms. de ancho por 365 de largo y 150 de alto. Los faldones son del año 2000.
En 1996, el paso de Misterio sacó en la parte trasera un Senatus y un pebetero con incienso. Al año siguiente fueron eliminados del conjunto.